De acordo com a PF, no momento da operação os suspeitos não foram encontrados. O delegado responsável pelo inquérito fez contato com o advogado dos investigados, e após uma negociação, afirmou que os eles seriam apresentados na sede da Delegacia da Polícia Federal em Imperatriz, cidade a 629 km de São Luís.
Após terem sido apresentados, os suspeitos foram presos e encaminhados ao sistema prisional do Maranhão. Segundo a PF, eles foram indiciados por homicídio, previsto no art. 121 do Código Penal, que requer pena entre seis e 20 anos de prisão.
A motivação do crime não foi divulgada pela Polícia Federal. As investigações foram realizadas inicialmente pela Polícia Civil do Maranhão, por meio da delegacia de Barra do Corda, apontaram que os suspeitos eram da mesma aldeia que Zezico Guajajara. Em seguida, a PF assumiu as investigações do caso e apresentou a denúncia à Justiça Federal.
Na época, logo após o crime, lideranças indígenas da região relataram que Zezico Guajajara vinha recebendo ameaças de morte por conta de conflitos internos dentro da Aldeia Zutiuá. O índio chegou a formalizar denúncias a respeito de ‘atos de violência’ praticados por outros indígenas dentro da aldeia para a Fundação Nacional do Índio (Funai) e para Polícia Federal (PF).
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